На большинство вопросов отвечу вечером, но, по-моему, чуть про разные вещи говорим.
Автообновления включены и на компе и на гаджеатх, т.е. все версии софта последние. На смартфоне (IOS-8.3) установлены почти все приложения (File, Cloud (правда не пользуюсь), Video, Audio, Finder, Station, Photo).
Проблема в следующем.
На смартфоне запускаю DS Photo, захожу в папку со своими фото. Вызываю меню и нажимаю выгрузить. Выбираю папку с фото на смартфоне. Выделяю для эксперимента только фото, которое уже есть на станции и выгружаю его.
Оно выгружается, при этом к имени просто добавляет _1 и так сколько угодно раз - _2, _3, _4.
Логичнее было бы, если DS Photo предупреждала бы, что такое фото уже есть и предлагала на выбор дальнейшее действие.
И вторая проблема, конечно, доставляет массу неудобств - я про синхронизацию папок, когда сервак восстанавливает на компе, удаленные файлы.
Вчера при выключенном серваке поправил кучу файлов, удалил часть папок, а после включения сервака, он мне восстановил на компе спецом удаленные папки... вот радости было 
1. IOS-8.3
2. Вот тут непонятно. На смартфоне версия DS Photo - от 12 мая 4.7
3. File, Cloud (правда не пользуюсь), Video, Audio, Finder, Station, Photo
4. Синхронизация не настроена
5. Не настраивал вообще, бэкап выключен
6. Задвоение, затроение и т.д. каждый раз к имени файла добавляется _1, _2, _3 и т.д.
7. Не могу создать модель, т.к. не хочется удалять все файлы. Но создавал в отдельной папке только одну фотку и ее выгружал, она каждый раз выгружалась, создавая дубли
8. Судя, по этому пункту, мы друг друга не поняли. Я писал про выгрузку фото, не про бэкап или другие автоматические операции. Но отвечу и на это
Выбрал 3 фотографии, которые уже выгружались и выгрузил их повторно, получил 3 дубля, выгрузил еще раз и получил 6 дублей и т.д.
9. Насколько смог описал выше.